Considerado "o maior cobrador de faltas da história do futebol mundial" pelo físico inglês Ken Bray,Juninho tornou-se ídolo em todos os clubes onde passou. Esteve presente nas sete conquistas consecutivas do Lyon no campeonato francês, tendo saído do clube após oito temporadas, onde marcou cem gols em trezentos e quareta e quatro partidas. Também marcou sete tentos em quarenta e três partidas pela seleção brasileira antes de se encerrar a carreira com a camisa canarinho, após a Copa do Mundo de 2006.
Carreira:
Sport Recife:
Juninho foi revelado nas categorias de base do Sport Recife, onde chegou aos dezesseis anos. Após permanecer durante quase três temporadas nas divisões de base do clube, fez sua estreia na equipe principal em 11 de novembro de 1993, entrando no decorrer do segundo tempo do empate em 0 a 0 com o Fluminense.No clube, fez parte da "geração de ouro", ajudando o clube a conquistar o título estadual e a Copa do Nordeste em seu segundo ano como profissional.
Suas atuações com a camisa do Sport, começaram a chamar a atenção dos grandes do futebol brasileiro. Não demorou muito e Juninho acabou recebendo uma proposta do carioca Vasco da Gama, que foi aceita. Com um início difícil, principalmente, por ter chegado como um "contrapeso" do atacante Leonardo, logo acabou se tornando um peça fundamental e estrela da equipe.
Vasco da Gama:
Na equipe carioca, esteve presente em todas as maiores conquistas do clube. Presente e com participações fundamentais nos dois últimos títulos brasileiros do clube, Juninho tornou-se ídolo máximo quando marcou o gol contra o River Plate que garantiu a presença na final da Libertadores de 1998, conquistada posteriormente sobre o Barcelona de Guayaquil. Esse tento rendeu anos após sua saída do clube, uma canção, cantada pela torcida mencionando o feito, sendo o primeiro (e até hoje o único) atleta a ter seu nome cantado pela torcida em uma de suas músicas.
Também viveu um grande momento em sua carreira defendendo o Vasco em 1999, quando se tornou o primeiro jogador na história a disputar duas partidas em países diferentes no mesmo dia. Isso aconteceu em 7 de setembro, quando após entrar no segundo tempo da vitória Brasileira sobre a Argentina (4 a 2), disputada em Porto Alegre, embarcou para Montevidéu e, após um voo problemático, conseguiu chegar ao Uruguai a tempo de entrar no segundo tempo da partida contra o Nacional, pela Copa Mercosul. Apesar de todo o esforço de Juninho, o Vasco acabou perdendo por 3 a 0.
Na Copa Mercosul, Juninho esteve presente numa das mais épicas vitórias do futebol brasileiro: após uma vitória para cada lado na final do torneio, houve uma terceira partida. Após sair perdendo por 3 a 0 no primeiro tempo, a equipe cruzmaltina conseguiu virar a partida, que terminou 4 a 3, e mais um título na carreira do já vitorioso Juninho. Logo após a partida, Juninho comentou:
 | Ninguém imaginava que o Vasco iria virar aquela partida. Mas acreditamos. |  — Juninho Pernambucano |
Uma das principais estrelas do Vasco, Juninho continuava com um dos mais baixos salários do elenco. Após não conseguir um aumento com a direção, resolveu ser o primeiro jogador brasileiro a entrar na justiça após o fim da Lei do Passe. Essa briga judicial se prolongou durante quatro meses, sendo que Juninho ficou sem atuar durante esse período. Sua situação mudou quando o treinador do Lyon, Jacques Santini, indiciou sua contratação, em 2001. Por meio de uma liminar, Juninho conseguiu se transferir.
Lyon:
Mesmo tendo saído pela "porta dos fundos" do Vasco, e ter ficado durante algum tempo sem atuar, Juninho chegou com moral no clube francês, que na época, apesar de ser o atual vice-campeão nacional, não era muito conhecido do Brasil, e até mesmo na Europa. Sua intenção era apenas se estabelecer no futebol europeu, o que aconteceu logo em sua primeira temporada: com um elenco limitado e, mesmo fazendo sua estreia no futebol local, Juninho foi muito importante na conquista do inédito título da Ligue 1.
Sua temporada seguinte foi ainda melhor, conseguiu conquistar o segundo título consecutivo na Ligue 1, além de terminar como artilheiro da equipe na temporada. E não parou por aí: na temporada seguinte, o terceiro título, dessa vez Juninho não terminou como artilheiro da equipe, mas foi o principal jogador. De um clube modesto e desconhecido, o Lyon virara a maior força no país, tendo Juninho declarado a imprensa mais tarde:
| Quando fui jogar na França, no Brasil só se conhecia o Paris Saint-Germain e Olympique de Marselha. Ninguém nem conhecia outro clube. | — Juninho Pernambucano |
Porém, com as duas equipes em baixa no cenário nacional, não foi muito difícil para quebrar o recorde de títulos consecutivos. E isso aconteceu em 2006, uma das principais temporadas de Juninho do clube, sendo eleito o melhor jogador da temporada e, pelo quinto ano consecutivo, para a seleção do torneio. O domínio no cenário nacional ainda durou mais duas temporadas. Porém, nesses duas temporadas, Juninho já não demonstrava ser o mesmo de antes, devido a sua idade avançada. Ainda assim, foi importante para a equipe, com suas assistência e tentos de falta, como na campanha do título da Copa da França de 2008.
Apesar do domínio no cenário nacional, o Lyon nunca conseguiu o mesmo no cenário europeu. Apesar de em suas duas primeiras temporadas disputando a Liga dos Campeões, o clube ter terminado em terceiro em seu grupo, passando a disputar a Copa da UEFA, o Lyon conseguiu na terceira, quarta e quinta temporada de Juninho no clube, chegar as quartas de final, sua melhor colocação na competição. Nessas três temporadas, o Lyon terminou em primeiro em seu grupo, à frente de Bayern Munique, Manchester United e Real Madrid, respectivamente. Já na sexta, pela segunda vez, o Lyon terminou à frente do Real Madrid em seu grupo, porém, dessa vez caiu nas oitavas de final.
Em sua última temporada na equipe de Lyon, Juninho teve atuações destacas, porém, nessa temporada, o clube não terminou pela primeira vez desde sua chegada, como campeão. A equipe terminou apenas em terceiro na classificação geral, perdendo o título para o Bordeaux. Sua última partida com a camisa do Lyon aconteceu na vitória sobre o Caen, em 23 de maio de 2009. Ainda na partida, Juninho marcou seu último e centésimo tento com a camisa do Lyon.
Al-Gharafa:
Tendo recebido propostas tanto de clubes internacionais, como brasileiros, Juninho acabou acertando com o mundo árabe, para defender o Al-Gharafa, do Qatar. Usando a camisa número cinco e com um contrato de duas temporadas, logo em sua temporada de estreia, conquistou três títulos: a Qatar Stars Cup, o Campeonato Qatari (sendo o tricampeonato consecutivo do Al-Gharafa) e a Qatar Crown Prince Cup. Logo após a conquista do último, também foi eleito o melhor jogador da temporada no Qatar.
Retorno ao Vasco da Gama:
Após não renovar seu contrato com o Al-Gharafa, Juninho acertou seu retorno ao Vasco para encerrar sua carreira, dez anos após deixar o clube rumo à França. Tendo sido anunciado oficialmente em 27 de abril de 2011, Juninho abriu mão do seu alto salário no futebol do Qatar para receber durante seu período no clube um salário mínimo (545 reais).
Sua reestreia aconteceu em 6 de julho na derrota de virada por 2 x 1 para o Corinthians. Tendo iniciado a partida como titular, Juninho marcou o primeiro tento da partida logo aos dois minutos, numa cobrança de falta. Porém, o Vasco acabou sofrendo a virada ainda no primeiro tempo, não conseguindo reverter o placar.
Seleção Brasileira:
Tendo disputado quarenta e três partidas e marcando sete gols, Juninho estreou pela Seleção Brasileira na derrota para a Coreia do Sul (1 a 0), em 28 de março de 1999. Seu primeiro tento aconteceu apenas em 2005, na vitória sobre a Grécia (3 a 0). No mesmo ano de sua estreia, Juninho se tornou o primeiro jogador na história a disputar duas partidas em países diferentes no mesmo dia. Isso aconteceu em 7 de setembro, quando após entrar no segundo tempo da vitória Brasileira sobre a Argentina (4 a 2), disputada em Porto Alegre, embarcou para Montevidéu e, após um voo problemático, conseguiu chegar ao Uruguai a tempo de entrar no segundo tempo da partida do Vasco contra o Nacional, pela Copa Mercosul.Presente em algumas partidas nas eliminatórias para a Copa do Mundo de 2002, e nas quatro partidas na desastrosa participação na Copa América de 2001, Juninho acabou ficando de fora da lista de convocados. Acabou retornando a seleção apenas em 2003, sob o comando de Parreira e, a partir daí, não saindo mais do grupo. Mesmo não tendo estado presente na Copa América de 2004, esteve presente no segundo título da seleção na Copa das Confederações, no ano seguinte. Participou de três partidas, marcando na primeira, contra a Grécia, seu primeiro gol com a camisa da seleção. Também esteve presente na final contra a Argentina.
| É muito difícil chegar na seleção. O Brasil é o país do futebol, todo ano aparecem grandes jogadores. Estar na seleção é um prêmio e me dá muito prazer. | — Juninho Pernambucano |
Na disputa da Copa do Mundo, Juninho disputou três partidas, marcando um tento em sua estreia contra o Japão (4 a 1). Apesar da campanha desastrosa da seleção, Juninho foi um dos nomes menos criticados. Na partida contra a França, responsável pela eliminação brasileira no torneio, disputou sua última partida com a camisa da seleção canarinho.
| Acabou para mim. E acabou de uma forma muito ruim. Tristeza total. | — Juninho Pernambucano |
Títulos:
Individuais
- Bola de Prata: 2000
- Melhor Jogador Estrangeiro do Campeonato Francês: 2004
- Seleção do Campeonato Francês: 2004, 2005, 2006
- Melhor Jogador do Campeonato Francês: 2006
- Melhor Jogador do Qatar: 2010
